Η πρώτη προσπάθεια ίδρυσης του Ναυτικού Μουσείου Ελλάδος έγινε στο νεοσύστατο ελληνικό κράτος το 1867. Τη χρονιά εκείνη ο πλοίαρχος του Πολεμικού Ναυτικού Γεράσιμος Ζωχιός, ιδρυτής του Ναυτικού Απομαχικού Ταμείου, εισηγήθηκε να αναλάβει το Ταμείο το έργο της συγκέντρωσης και διατήρησης των αντικειμένων, που έχουν σχέση με την ελληνική ναυτική ιστορία. Για λόγους σχετικούς με τις σοβαρές ιστορικές περιπέτειες της εποχής εκείνης η ιδέα δεν έλαβε συνέχεια. Ωστόσο, η ιδέα του έμελλε να υλοποιηθεί ως ιδιωτική πρωτοβουλία, 82 χρόνια μετά. Την 7η Απριλίου του 1949 μία ομάδα έγκριτων πολιτών του Πειραιά μαζί με αξιωματικούς του Πολεμικού και Εμπορικού Ναυτικού, έχοντας ως κοινό δεσμό την αγάπη για τη θάλασσα και τα πλοία, συγκεντρώθηκε στο γραφείο του τότε υπουργού Ναυτικών Γεράσιμου Βασιλειάδη και υπέγραψε την ιδρυτική πράξη του σωματείου με την επωνυμία «Εταιρεία Ναυτικού Μουσείου και περισυλλογής κειμηλίων των κατά θάλασσαν αγώνων του Έθνους». Ήταν η γέννηση του Ναυτικού Μουσείου Ελλάδος. Πρώτος πρόεδρος ανέλαβε ο εφοπλιστής Γεώργιος Στρίγκος.
Στον χώρο λειτουργεί η Βιβλιοθήκη «Αθηνούλα Α. Μαρτίνου». Σήμερα αποτελεί τη μεγαλύτερη ναυτική βιβλιοθήκη της χώρας μας, με περισσότερους από 17.000 τίτλους, μονογραφίες, περιοδικά, εγκυκλοπαίδειες, πρακτικά συνεδρίων, ημερολόγια κ.ά., ελληνικό και ξενόγλωσσο υλικό.
