Τον Μάιο του 1924, μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή και την ανταλλαγή πληθυσμών, περίπου εβδομήντα οικογένειες από την ευρύτερη περιοχή της Κωνσταντινούπολης (τον Άγιο Στέφανο, το Φανάρι, τις Νύμφες, το Αβάσσο, το Τσιφούτ Μπουζάς κ.ά.) και αρκετές από άλλες περιοχές της Μικράς Ασίας έφθασαν στην περιοχή του Μπογιατίου (νυν Άγιος Στέφανος) ως ανταλλάξιμος πληθυσμός, σύμφωνα με την ελληνοτουρκική σύμβαση του 1923. Οι θρησκευτικές τελετές και τα μυστήρια της κοινότητας τα πρώτα χρόνια γίνονταν μέσα σε σκηνές, έως ότου κτιστεί η πρώτη εκκλησία-παράπηγμα, ακριβώς απέναντι από τον σημερινό Ναό, στην πλατεία Μαρίνου Αντύπα. Το 1937 ξεκίνησε η ανέγερση της εκκλησίας στη σημερινή της θέση, με δωρεές των κατοίκων. Τα εγκαίνιά της πραγματοποιήθηκαν το 1958. Ωστόσο, ο μεγάλος σεισμός του 1999 έπληξε τον Ναό ανεπανόρθωτα, με αποτέλεσμα να κριθεί κατεδαφιστέος και να ξεκινήσουν οι εργασίες ανέγερσης νέου ναού το 2004. Χρειάστηκαν σχεδόν δεκαπέντε χρόνια και η μεγάλη δωρεά των Θανάση και Μαρίνας Μαρτίνου για την ολοκλήρωση του έργου. Το εσωτερικό του ναού που αποπνέει ιδιαίτερη μεγαλοπρέπεια, είναι αγιογραφημένο από τον Γιώργο Κόρδη. Στον Ναό φυλάσσεται η θαυματουργή εικόνα της Παναγίας της Αβασσιώτισας που λέγεται ότι είναι μία εκ των τεσσάρων εικόνων που αγιογράφησε ο Ευαγγελιστής Λουκάς. Τα επίσημα εγκαίνια του ναού τελέσθηκαν στις 20 Σεπτεμβρίου 2020.
