Ο καθεδρικός ναός του Αγίου Ιωάννη είναι κτισμένος στην κεντρική πλατεία του Μαρκοπούλου. Μετά την απελευθέρωση από τον τουρκικό ζυγό ένα από τα βασικά μελήματα της κοινότητας ήταν η ανέγερση ενός μεγαλοπρεπούς ναού. Η πρώτη επιτροπή για την ανέγερσή ορίστηκε το 1879. Η ανέγερση του ναού ξεκίνησε το 1886 και ολοκληρώθηκε το 1903. Αρχικά, το σχέδιο για την ανέγερση του ναού είχε ανατεθεί στον αρχιτέκτονα Ερνέστο Τσίλλερ, αλλά ολοκληρώθηκε από τον αρχιτέκτονα Αριστείδη Ραζή ο οποίος τροποποίησε το αρχικό σχέδιο του Τσίλλερ, μία σταυροειδή βασιλική με τρούλο. Η αγιογράφηση έγινε από τον φημισμένο αγιογράφο Δημήτριο Γεωργαντά, μαθητή των ζωγράφων Νικηφόρου Λύτρα και Νικολάου Γύζη. Τα εγκαίνια του ναού πραγματοποιήθηκαν στις 21 Μαΐου 1904 επί αρχιεπισκόπου Αθηνών Θεόκλητου. Η ΑΙΓΕΑΣ ΑΜΚΕ έχει υποστηρίξει ποικιλοτρόπως τη λειτουργία του ναού και τις δράσεις του ενοριακού συμβουλίου και έχει συμβάλει στη συντήρηση και προστασία του.
